Pored saradnika, počela je da tajno pomaže jevrejskoj deci da pobegnu iz geta, gde bi zasigurno umrli. Kada bi izašli odatle, bili bi poslati drugim porodicama na usvajanje ili u sirotišta. Međutim, iako su joj namere bile dobre, nisu sve majke pristale da napuste svoju decu i daju na brigu neznancima. Naravno, nisu mogli da znaju da će stvari postati gore. Većina porodica je bila odvedena u kampove smrti
Zbog jake kontrole geta od strane nacista, Irena je smislila kreativan način kako da sakrije decu i pomogne im da pobegnu. Većinu vremena je bolnica imala ozbiljne bolesnike koji su bili premeštani u druge bolnice, ali kada je povećan nadzor, ona je morala da ih sakriva u vreće, kese za smeće, pa čak i sanduke. Među svom ovom decom, jedno dete po imenu Elzunija se isticala: Irena ju je spasila tako što ju je stavila u drvenu kutiju za isporuku cigle kada je imala samo 5 meseci. Jedina uspomena na njenu porodicu je bila srebrna viljuška, koju je njena majka sakrila u odeću
